Het Gemeenschappelijk Instrumentarium (GI) biedt ondersteuning bij datamanagement, digitale beeldverwerking, kwantitatieve beeldanalyse en het voorbereiden van figuren. Dit doet het GI voornamelijk met FIJI/ImageJ, waar op maat ook scripts (macro’s) besproken en samengesteld kunnen worden. Een FIJI-cursus voor nieuwe gebruikers wordt zo'n twee keer per jaar gegeven maar is ook altijd op aanvraag beschikbaar. Tevens faciliteert het GI het gebruik van onderstaande commerciële beeldbewerkingssoftware met de bijbehorende begeleiding.
Geïnteresseerde onderzoekers van de uu77 kunnen contact opnemen met Jelle Postma. Postma beheert en onderhoudt deze systemen, assisteert gebruikers bij het opstellen en optimaliseren van toepassingen, en verzorgt trainingen voor onderzoekers/studenten verbonden aan FNWI-onderzoeksgroepen, en op aanvraag ook voor externen.